17 февраля 1846 года (1 марта по новому стилю) в селе Милюкове, в глухом Сычевском уезде Смоленской губернии, у священника Василия Докучаева родился третий сын, названный по имени отца Василием.
Село Милюковo, в котором протекали детские годы Василия Докучаева, расположено на берегу небольшой реки Качни. Целые дни мальчик вместе со своим приятелем, Григорием Пиуковым, проводил на реке. Они отправлялись к Святому колодцу, к Гридневскому ручью и другим местам по берегам Качни. Мальчики с интересом следили за работой крестьян, выкапывавших из рыхлых прибрежных наносов сохранившиеся там массивные стволы ископаемого дуба, крепкого, как камень; его употребляли на поделку всяких нужных в хозяйстве вещей. Иногда рядом со стволом дерева находили какие-то кости. Друзья завидовали одному из мальчиков, отец которого нашел в речных наносах огромный зуб неизвестного животного. Позднее установили, что это был зуб мамонта.
Весной, когда после разлива Качни вся долина речки покрывалась буйными травами, ребята пропадали на заливных лугах, где между трав скрывались голубые озерки, кишащие мелкой рыбешкой и головастиками. Но эта привольная жизнь продолжалась недолго. Мальчик подрос, и пора было думать об учении. Священник, посоветовавшись с женой, решил везти младшего сына, так же как и старшего, в Вязьму, в духовное училище. Большая семья, состоявшая из девяти человек, постоянно нуждалась. У сыновей многосемейного сельского священника был один путь — бесплатное «казеннокоштное» обучение в бурсе, а дальше — либо в священники, либо в дьячки.
Отслужили в доме Докучаевых молебен, присели, как полагалось по традиции, на лавки, посидели минуту молча, поднялись, перецеловались и, выслушав напутственные слова матери, сели на телегу и тронулись в путь. Отец повез сына в город Вязьму долбить в бурсе псалтырь и четьи-минеи.
Духовные училища в России издавна были в плачевном состоянии. Еще в начале своего царствования Екатерина II отмечала, что «архиерейские семинарии состояли в весьма малом числе учеников, в худом учреждении для наук и в скудном содержании». Неоднократные попытки реформировать бурсу, особенно активные в начале XIX века, несмотря на участие в них таких деятелей, как М. М. Сперанский, ни к чему положительному не привели. В то время, когда Докучаев попал в бурсу, она сильно походила на бурсу, описанную Помяловским. Об этом неоднократно говорил впоследствии сам Докучаев. Жизнь Докучаева в эти годы мало чем отличалась от жизни Карася и других героев «Очерков бурсы» Помяловского. Новичков подвергали издевательствам по всем правилам, старательно разработанным бурсаками, хваставшими грубостью нравов. Это было первое испытание, и тот, кто его выдерживал, завоевывал известное уважение товарищей. Таким образом, ученики старались выработать в себе закалку, которая помогла бы переносить все издевательства и порки, выпадавшие на долю каждого, даже примерного, с точки зрения начальства. Поэтому выше всего ценилось пренебрежение к физической боли. На такого бурсака, который молчит даже тогда, когда его секут «на воздусях», товарищи могли смело положиться: он не подведет, не станет фискалом. А духовное начальство старательно насаждало ябедничество, заводило специальные «черные книги», куда о каждом заносилось все, что сообщали доносчики.
Из среды учащихся начальство назначало секундаторов, обязанностью которых была порка своих товарищей, цензоров, наблюдавших за порядком в классе, и авдиторов, которые должны были ежедневно проверять приготовление уроков и ставить соответствующие баллы в особых тетрадях — нотатах. Кроме них, существовали еще старшие спальные и старшие дежурные из спальных.
Вся эта сложная система подчинения была создана начальством для борьбы с товариществом, организованным еще с незапамятных времен первыми бурсаками, насильно посаженными за схоластическую зубрежку и завещавшими своим потомкам яростное сопротивление начальству и ненависть к нему. Но старание руководителей бурсы развратить учащихся деспотической властью одного над другим далеко не всегда приводило к желанным результатам.
Были, конечно, среди цензоров, авдиторов и прочих лиц бурсацкой иерархии взяточники и вымогатели, но честные, хотя и суровые, традиции товарищества помогали бурсакам отстаивать в этих страшных условиях свои права. Отстаивать их могли, конечно, только наиболее сильные и закаленные. Большинство воспитанников бурсы калечилось и физически и нравственно.
Первое испытание Докучаев выдержал сравнительно легко, — так было обычно со всеми новичками, прибывавшими из деревни. Смелость и находчивость, выработанные в играх и драках с деревенскими мальчишками, выносливость и самостоятельность, приобретенные в общении с природой, закаляли их характеры, делали их более независимыми и настойчивыми. Иначе было с новичками городскими. По жестоким традициям бурсы, их испытывали долго и без снисхождения, чтобы отучить от «телячьих нежностей». А по неписаному бурсацкому кодексу «телячьими нежностями» считались разговоры и воспоминания о доме, о семье, о родных. Во всем, что касалось личной жизни, за долгие годы пребывания в бурсе вырабатывалась замкнутость, которая на всю жизнь накладывала отпечаток на характер ее воспитанников. Докучаеву после первого шага надо было сделать второй — попасть в число «отпетых». Отпетый, по определению Помяловского, — ревнитель старины и преданий, он стоит за свободу и вольность бурсака, он основной столп товарищества. Отпетые делились на три типа: благие — «дураковатые господа», отчвалые — «эти были вообще не глупы, но лентяи бесшабашные» и, наконец, третий тип — это башка — первый по учению и последний по поведению. Докучаев был башка. Несмотря на отвращение к изучаемым предметам и особенно к методам преподавания, он имел блестящие отметки. Но успехи не спасали от «майских», как называли бурсаки свежие березовые розги. Если на протяжении учебного года учителю не к чему было придраться, то в конце года, как истинный приверженец «секуционной педагогики», он сек ученика именно за то, что тот ни разу не был сечен.
Кроме порки, в бурсе применяли и другие наказания: ставили голыми коленками на покатую доску парты, заставляли в двух шубах делать до двухсот земных поклонов, оставляли без обеда, — последняя мера являлась даже специальной статьей дохода для начальства бурсы. Эта «воспитательная» мера применялась настолько широко, что значительная часть учеников ежедневно лишалась скудного обеда, а надо иметь в виду, что те, которые и не подвергались этому наказанию, были голодны. Было еще одно наказание — не пускали домой на воскресенье городских и в большие праздники иногородних. Это было, пожалуй, самое тяжкое наказание. Каждый хоть на несколько дней мечтал вырваться из холодных казенных классов и спален, кишевших паразитами, на волю, на свежий воздух, Докучаев, так же как и его товарищи, больше всего боялся лишиться поездки домой, в родное Милюковo, находившееся в нескольких десятках верст от Вязьмы. Это стремление было так сильно, что, уже перейдя в Смоленскую семинарию, Докучаев, несмотря на двухсотверстный путь, отправлялся на короткие зимние каникулы домой. Он подговаривал всех бурсаков из соседних с ним сел, по грошам они собирали рубль серебром и нанимали «рядчика» — обладателя чахлой лошадки, запряженной в дровни. Друзья клали на дровни свои семинарские сундучки, а сами в трескучие морозы шли двести верст по сугробам и бездорожью. Сильна должна была быть ненависть к «вертограду науки» и тоска по родному дому у этих подростков, чтобы осуществлять подобные переходы.
Докучаев ненавидел в бурсе и методы обучения, и изучаемые схоластические предметы, и меры воздействия. Метод обучения был один — зубрежка, или, как говорили в бурсе, долбня. Учение в долбежку непонятных богословских предметов становилось еще более нелепым потому, что педагоги не считали нужным объяснять ученикам смысл вдалбливаемых наук, а просто задавали «от сих до сих». Естественно, что такое учение приносило только страдания несчастным бурсакам, сложившим по этому поводу песню:
Сколь блаженны те народы,
Коих крепкие природы
Не знали наших мук,
Не ведали наук.
По некоторым предметам педагоги допускали так называемые «возражения»: ученикам позволяли спорить и выступать по одному и тому же вопросу с различных, но строго определенных начальством позиций. Темы были такие: «Может ли дьявол согрешить?», «Первородный грех содержит ли в себе, как в зародыше, грехи смертные, произвольные и невольные?», «Спасется ли Сократ и другие благочестивые философы язычества или нет?»
Подобные схоластические упражнения, наполненные пустой, никчемной софистикой, считались венцом премудрости и поэтому допускались очень редко. Особенную ненависть Докучаева вызывала так называемая «гомилетика» — учение о церковном проповедничестве. Докучаев переименовал ее в «гуммиластику», видимо, она напоминала своей тягучестью резину. «Гуммиластика» преследовала его не один год. Многолетний курс ее был разбит на несколько больших самостоятельных частей: гомилетика фундаментальная, или принципиальная, гомилетика материальная, гомилетика формальная, или конструктивная, гомилетика евангельская, гомилетика апостольская. Этот необъятный схоластический предмет надо было зубрить день за днем, год за годом. Многие бурсаки, отчаявшись преодолеть подобную премудрость, записывались в «вечные нули»,— авдитор, не спрашивая у них урока, ежедневно в нотате ставил против их фамилий нуль. Они переезжали на «Камчатку», играли, а то и просто спали под партами. Розог не боялись и ждали счастливого дня, когда их, сидевших в каждом классе по нескольку лет, на основе «закона о великовозрастии» выгонят из бурсы и отправятся они на поиски подходящего места — пономаря, звонаря, церковного сторожа. Докучаев не принадлежал к числу вечных нулей. Его природные способности и блестящая память давали ему возможность сравнительно легко одолевать эти ненавистные предметы. Но если он отличался от вечных нулей успехами в науках, то в поведении он следовал всем традициям бурсацкого товарищества. А главное в этих традициях было чинить всякие неприятности начальству, итти на любые жертвы, если этим можно досадить инспектору.
Строже всего в бурсе запрещалось пьянство и игра в карты. Но из ненависти к притеснителям и то и другое считалось особенно почетным среди бурсаков. После того как было объявлено, что за пьянство станут исключать из семинарии, оно стало принимать большие размеры и в дальнейшем губительно влияло на судьбы очень многих бурсаков. В известной мере не избежал этого порока и Докучаев.
Последние годы пребывания Докучаева в семинарии совпали с бурными годами в истории России и русской общественной мысли. Проблемы ликвидации крепостничества, волновавшие все передовые умы страны, оказались неразрешенными и после крестьянской реформы 1861 года. Но все революционно-демократические силы страны уже пришли в движение и плодотворно влияли на развитие русской науки. Работы и статьи А. И. Герцена, В. Г. Белинского, Н. Г. Чернышевского, Н. А. Добролюбова, Д. И. Писарева дали большой толчок материалистическому развитию естественных наук в России.
В той или иной форме революционно-демократические идеи русских просветителей доходили и до затворников духовных семинарий. Об этом сохранилось любопытное свидетельство одного из реакционных церковников, архиепископа Никанора Херсонского, писавшего: «...в начале шестидесятых годов были общины либералов, которые ловили семинаристов в свои сети, навязывали им книги своего духа для развития, книги по преимуществу естественно-научного содержания».
И действительно, даже бурсаки в этот период принимали участие в обсуждении общественных и научных проблем. Ненависть к схоластике и ко всем методам бурсацкого воспитания, проявлявшаяся прежде только во всякого рода «подвигах», направленных против начальства, стала выливаться в другие, более зрелые формы: «вольномыслие заводилось даже внутри семинарии», с прискорбием говорил архиепископ Никанор.
Докучаев окончил семинарию с отличием и как лучший ученик был послан на казенный счет в Петербург, в Духовную академию.