Завоевание Юкатана началось в 1527—1528 годах, когда эта задача была возложена на Франсиско де Монтехо, в составе армии которого первоначально было 380 человек и 57 лошадей.
Миссия Монтехо была куда более сложной, чем у Кортеса в Мексике или у Писарро в Перу. Здесь не существовало центрального правительства, с которым он мог заключить договор после непродолжительной военной кампании. Каждый город приходилось брать по отдельности. Майя, к тому времени хорошо знакомые с репутацией испанцев и тем, что они творили в Мексике, избегали крупных сражений, но оказались вполне сведущими в ведении партизанской войны. Они выбили Монтехо из города Шела, где находилась его первая военная база, а затем из выбранного им в качестве новой базы города Четумаля, расположенного дальше по побережью на границе с современным Белизом. Одним из командиров майя был изменник-испанец по фамилии Гуерреро, погибший от шальной пули в городе Улуа на севере Гондураса. После его смерти война шла с переменным успехом, пока в 1535 году майя не добились решающих побед, изгнав испанцев с Юкатана. В таких условиях Монтехо, крайне разочарованный и уставший человек, подал в отставку, уступив командование своему сыну. В ходе возобновившихся в 1542 году военных действий испанцам удалось добиться успеха, что позволило им основать получивший название Мерида город на месте древнего города майя Тихо. Выстроенный младшим Монтехо в 1549 году дом до сих пор стоит на центральной площади Мериды.
Война приобрела более ожесточенный характер, а два существенных обстоятельства сильно ослабляли майя. Во-первых, они были крайне разобщены. Так же как и в Мексике, отдельные племена видели в испанцах союзников, способных помочь им рассчитаться со старыми противниками, – идея, оказавшаяся роковой для майя, как они впоследствии осознали. Другой помехой было то, что майя рассматривали войну как всего лишь непродолжительный по времени эпизод. Хотя междоусобные войны были жестокими и кровопролитными, они быстро заканчивались, и жизнь входила в обычное русло до следующего столкновения. У испанцев на этот счет были другие идеи. Они вели войну ради покорения противника, главной ее целью было порабощение всего населения. Монтехо в обмен на крупную денежную сумму, которую ему удалось собрать, заложив драгоценности своей жены, получил в дар от короля Испании участок территории Юкатана площадью 1000 квадратных миль. Он и его соратники по существовавшему у испанских конкистадоров обычаю разделили эту территорию между собой, и каждый владелец земли получил в дар рабов: майя оказались в рабстве.
Приход завоевателей знаменовал собой появление испанской церкви, стремившейся спасти души бедных индейцев всеми своими прекрасно апробированными методами убеждения. Одним из первых миссионеров был епископ Диего де Ланда, который, овладев основами языка майя, отправился в пеший поход по своей епархии. Добившись сравнительно небольшого успеха в своих попытках мирными средствами обратить индейцев в христианство, он стал прибегать к более жестким мерам, включавшим повсеместное уничтожение идолов, храмов и литературы майя. Он так преуспел в этом, что, как уже отмечалось, сохранились всего три книги майя. Ревностный и лишенный чувства юмора служитель церкви, он был не менее суров и со своей испанской паствой, отдавая приказы о телесных наказаниях за непосещение воскресных церковных служб. Парадоксально, но именно он стал для нас одним из основных источников информации о жизни майя в период завоевания и на более ранних этапах, ибо, вызванный в Испанию держать ответ за превышение своих полномочий, в ожидании допросов он проводил время за написанием «Истории Юкатана». Еще более ценным оказалось подготовленное им исследование языка майя, давшее ключи к частичной расшифровке иероглифов.
После разрушения привычных устоев их жизни майя практически превратились в собственность белых хозяев, нещадно эксплуатировавших их на своих гасиендах, разбросанных по всему Юкатану. Тем не менее, они не были послушными рабами и время от времени поднимали восстания. Серьезные выступления произошли в 1847, 1860 и 1910 годах. И пусть на первый взгляд майя смирились с католичеством и регулярно посещали церковные службы, между тем их старая религия продолжала жить, не сдавая своих позиций. Она настолько тесно слилась с католичеством, что подчас их трудно отделить друг от друга.
В горных регионах события развивались примерно по тому же сценарию. Гватемальских майя оставили в покое, пока не была завоевана Мексика. После этого в 1523 году Педро де Альварадо был направлен на юг для покорения горных племен, главным из которых было племя киче. Индейцы, как и следовало ожидать, были разобщены. Другое племя, какчикель, увидело в этом возможность посчитаться со своими старыми врагами из племени киче. Измены и предательства случались повсеместно, а де Альварадо отличился своей жестокостью. Находящиеся в горах города Утатлан и Ишимче пали в 1524 году, а Закулеу и Микско-Вьехо – в 1525 году. Испанцы построили новые столицы – город Сантьяго-де-лос-Кабалльерос (разрушенный землетрясением и наводнением в 1541 году) и еще один город Сантьяго, переименованный впоследствии в Антигуа-Гватемала, который также был разрушен землетрясениями в 1717-м и 1723 годах, но продолжает существовать и сегодня.
Вот таким образом Гватемала вошла в состав Испанской империи, разделив с ней все перипетии ее бурной истории в последующие века колониального господства и в эпоху образования независимых республик. Сегодня миллионы индейцев майя продолжают, как и раньше, жить в своих расположенных в горах и джунглях селениях – потомки древних майя, чей художественный и культурный гений в один прекрасный день еще заявит о себе в их наследниках.