У людей, стоящих на низших ступенях развития, болезни и недомогания считаются противоестественными. Человек может заболеть: 1) по неподвластной пониманию воле богов, 2) в наказание за прошлые грехи, 3) потому что его околдовали или ему пожелали зла его враги. Какова бы ни была причина болезни, больному требуется заручиться благорасположением и содействием богов. То же самое считали и майя. Веря, что болезнь вызвана потусторонними силами, они, заболев, призывали себе в помощь жреца, который должен был бороться с вызвавшими болезнь злыми силами. Первым делом жрец должен был определить, кто или что несет ответственность за болезнь. Для этого он прибегал к ворожбе: бросал кубик или небольшие кости, сжигал благовония и гадал. Лечение включало в себя обращение за помощью к соответствующему богу или богине, жертвоприношение и применение целого ряда хитроумных снадобий.
Майя, по всей видимости, обладали хорошими знаниями о свойствах многих трав, хотя существовавших книг по этому вопросу не сохранилось. Они высоко ценили табак, считая его чуть ли не панацеей. В хрониках испанского периода отмечается, что его использовали в качестве лекарства при зубной боли, змеиных укусах, астме, расстройстве желудка, головной боли, жаре, катарах и некоторых нарушениях после родов. В качестве других лекарственных средств использовались напоминающее собой молочай растение (euphorbia), гуава, сок резинового дерева и некоторые виды грибов, но при приготовлении лекарств знахари смешивали с ними такие экзотические ингредиенты, как вареный помет тапира, целиком растворенных в перебродивших составах летучих мышей, сваренных живьем лягушек, помет дятлов и перья. В одном из рецептов предписывалось: «Если остальные лекарства не помогут, заставьте больного снять сандалию, помочиться в нее и выпить». Широко в качестве метода лечения использовалось кровопускание.
Иш Чель, богиня луны и беременности, была еще и богиней болезней, что указывает на существующее во многих частях мира поверье о взаимосвязи между некоторыми болезнями и фазами луны. Уже было отмечено, что беременные женщины совершали паломничества в храм этой богини, прося у нее помощи при родах. Епископ де Ланда описывает, как «врачи и знахари вместе с женами собирались в доме одного из них, куда жрецы после изгнания злых духов приносили котомки с лекарствами, среди которых попадались безделушки и различные идолы богини медицины Иш Чель».
Бог солнца Ах Кин, или, иначе, Киник Ахау, также властвовал над некоторыми болезнями. Крестьяне возносили ему молитвы, прося даровать им здоровье, чтобы они могли ежедневно трудиться при солнечном свете. С этой же целью стоило молить о помощи бога огня Каака и богов дождя, причем считалось, что последние насыпают на людей лихорадку. Существовал и бог лекарственных трав Ах Уинсир Дзакар.
Майя страдали от пневмонии, плеврита, ревматизма, некоторых видов лихорадки, эпилепсии, расстройства желудка, зубной боли, глистов, дизентерии, рожистого воспаления, желтухи и рака. Мнения относительно того, существовала ли у них желтая лихорадка и малярия до завоевания испанцами, расходятся. Европейцы завезли такие опасные болезни, как сифилис, оспа, корь и грипп, унесшие огромное число жизней индейского населения.