Нет никаких данных относительно церковной организации зороастрийцев в доисторическое время – неизвестно, например, существовал ли признанный глава всей общины, или же были автономные главы местных церквей на территории каждого племени или царства. Отрывочная информация может быть почерпнута из Авесты о религиозном обучении – так, в Яште 13 (стих 97) некто Саэна, сын Ахумстута, почитается как первый среди верующих, кто воспитал сто учеников. Несомненно, во время завоеваний и поселений на новом месте зороастрийские жрецы продолжали сохранять свою веру, постоянно развивали ее богословские положения и обрядовую практику.
С одной богословской проблемой они должны были столкнуться достаточно рано в связи с развитием материальной культуры. Проблема эта касалась одного из Бессмертных Святых – Хшатра, как хранителя и каменного неба, и военного сословия. С распространением бронзы, за которой (начиная примерно с IX в. до н.э.) последовало употребление железа, орудия нельзя уже было представлять как изделия из камня. Все, касающееся шести Амэша-Спэнта, имело огромное религиозное и нравственное значение, поэтому ученые жрецы, видимо, упорно бились над этой проблемой, пока не нашли остроумное решение: они определили, что камень небес – это горный хрусталь и его можно классифицировать и как металл, потому что он находится в горных жилах, так же как и металлические руды. Поэтому Хшатра, владыка хрустального неба, теперь мог почитаться и как властелин металлов, а потому еще и как защитник воинов. Металлический нож сменил кремневый в ритуале богослужения. Понемногу стали употребляться металлические ступки и песты наряду с каменными (оба вида упоминаются в Авесте). Владыка металлов Хшатра продолжал олицетворять небо в церемонии ежедневного богослужения.
Другое изменение, касавшееся шести Амэша-Спэнта, заключалось в том, что вокруг них образовался целый пантеон божеств-язата. Например, Хшатра, властелин неба, имел в качестве союзников и помощников божество солнца – Хвар, дух неба – Асман и Митру, а Спэнта-Армаити, владычица земли, получала поддержку вод и божеств вод – Ардви-Суры и Апам-Напата. Собственно божество земли (Зам) оказывало помощь Амэрэтат, повелителю растений. Как показывают эти примеры, некоторые из божеств-язата олицетворяют то, что защищают те или другие из шести Амэша-Спэнта, а потому зороастрийский пантеон сложен, он наполнен перекрещивающимися нитями связей и взаимозависимостей.
Это не могло, однако, служить камнем преткновения для новообращенных иранцев, которые были знакомы с такими же точно взаимоотношениями божеств в прежней языческой вере. Так, например, Митра долгое время почитался как божество огня и солнца, хотя и огонь и солнце тоже олицетворялись как божества. Поскольку все благие божества зороастризма все вместе стремятся к выполнению общей задачи – ведь они и были созданы Ахура-Маздой для того, чтобы помогать в достижении этой цели, – то между ними не могло быть никакого соперничества, чувства превосходства одного над другим. Пантеон божеств служит образцом для человеческого общества, в котором каждый человек тоже должен посильно помогать своим ближним.