Сразу после приезда в Москву Николенька ощущает перемены, происшедшие с ним. В его душе находится место не только собственным чувствам и переживаниям, но и состраданию чужому горю, умению понимать поступки других людей.

 Он сознает всю неутешность горя бабушки после смерти любимой дочери, до слез радуется, что находит в себе силы простить старшего брата после глупой ссоры. Еше одна поразительная для Николеньки перемена заключается в том, что он со стыдливостью замечает волнение, которое вызывает в нем двадцатипятилетняя горничная Маша.

 Николенька убежден в своей уродливости, завидует Володиной красоте и изо всех сил старается, хотя и безуспешно, убедить себя в том, что приятная наружность не может составлять всего счастья жизни. И Николенька пытается найти спасение в мыслях о гордом одиночестве, на которое, как ему кажется, он обречен.
Бабушке доносят, что мальчики играются с порохом, и, хотя это всего лишь безобидная свинцовая дробь, бабушка винит в недостаточности присмотра за детьми Карла Иваныча и настаивает на том, чтобы его заменили приличным гувернером. 

Николенька тяжело переживает расставание с Карлом Иванычем.
С новым гувернером-французом у Николеньки отношения не складываются, он сам не понимает порой своей дерзости в отношении воспитателя. Ему кажется, что обстоятельства жизни направлены против него. Случай с ключиком, который по неосторожности он ломает, непонятно почему пытаясь открыть папин портфель, окончательно выводит Николеньку из душевного равновесия. Решая, что все специально ополчились против него, Николенька ведет себя непредсказуемо – ударяет гувернера, в ответ на сочувственный вопрос брата: «Что с тобой делается?» – кричит, как все гадки ему и отвратительны. Его запирают в чулан и грозят наказать розгами.

 После долгого заточения, во время которого Николеньку мучает отчаянное чувство униженности, он просит у отца прощения, и с ним делаются конвульсии. Все боятся за его здоровье, но после двенадцатичасового сна Николенька чувствует себя хорошо и легко и даже рад, что домашние переживают его непонятную болезнь.
После этого случая Николенька все более ощущает себя одиноким, и главным его удовольствием становятся уединенные размышления и наблюдения. Он наблюдает странные отношения горничной Маши и портного Василия. Николенька не понимает, как такие грубые отношения могут называться любовью. Круг мыслей Николеньки широк, и он часто путается в своих открытиях: «Я думаю, что я думаю, о чем я думаю, и так далее. УМ за разум заходил...»
Николенька радуется поступлению Володи в университет и завидует его взрослости. Он замечает изменения, которые происходят с братом и сестрами, наблюдает, как у стареющего отца появляется к детям особенная нежность, переживает смерть бабушки – и его оскорбляют разговоры о том, кому же достанется ее наследство...
До поступления в университет Николеньке остается несколько месяцев. Он готовится в математический факультет и учится хорошо. Стараясь избавиться от многих недостатков отрочества, Николенька считает главным из них склонность к бездеятельному умствованию и думает, что эта склонность принесет ему в жизни много вреда. 

Таким образом в нем проявляются попытки самовоспитания. К Володе часто приходят приятели – адъютант Дубков и студент князь Нехлюдов. Николенька все чаще разговаривает с Дмитрием Нехлюдовым, они становятся друзьями.

 Настроенность их душ кажется Никленьке одинаковой. Постоянно совершенствоваться самому и таким образом исправить все человечество – к такой мысли приходит Николенька под влиянием своего друга, и это важное открытие он считает началом своей юности.