«Книга мусульманских ученых» была сочинена накануне нового страшного бедствия, до того, как над Ираном разразилась еще более ужасная буря. IX и Х века называют персидской интермедией, периодом «между арабами и тюрками». В начале XI в. тюрки-сельджуки вторглись из Средней Азии в Хорасан, затем наводнили Иран и свергли все местные династии. Утвердившись в Иране, они с энтузиазмом приняли ислам. 

О зороастрийцах под владычеством Сельджукидов (1037—1157) известно мало, но многие, наверное, погибли во время завоевательных войн или же были насильно обращены в ислам в эти жестокие времена, когда «все пути были закрыты, кроме пути Мухаммеда». После этого последовало еще более жестокое монгольское завоевание, покончившее и с Сельджукидами, и с поддерживавшимися ими аббасидскими халифами в Багдаде.
Монгольские орды безжалостно уничтожали все, что попадало им под руку; мусульман, зороастрийцев, иудеев и христиан убивали поголовно и без разбору. Это была катастрофа, «искры от которой разлетались вдаль и вширь, а боль была всеобщей». 

О разорении Ирана монголами современный историк писал: «Потери, понесенные мусульманской наукой, никогда вновь не достигшей прежнего уровня, не поддаются описанию и превосходят все, что можно представить: были не только полностью уничтожены тысячи бесценных сочинений, но из-за большого количества ученых людей, либо погибших, либо едва спасших свои жизни, сама традиция истинной учености… была почти разрушена» (Browne, 1906, с. 463). Зороастрийцы пострадали не меньше, и именно тогда, должно быть, пропали последние большие собрания священных книг, включая все копии сасанидской Авесты. 

Все еще сохранявшиеся большие храмы огня, наподобие огня Каркой в Систане, были разрушены тогда же.
Через полстолетия после завоевания монгольский хан Газан (правил с 1295 по 1304 г.) стал мусульманином, и новообращенные монголы снова пополнили ряды последователей ислама, которые их деды так беспощадно сократили. Для зороастрийцев, ставших убывающим меньшинством, когда уже разразилась буря, такого пополнения поредевших рядов не последовало, им пришлось испытать лишь новые страдания от религиозного пыла новообращенных. К счастью, Фарс во время его покорения монголами избежал разгрома69. Вокруг городских оазисов на севере этой области, около Йезда и Кермана, и группировались теперь зороастрийцы, находя здесь последние бастионы, в которых они могли бы еще сохраниться, проживая в бедности и безвестности.